Promueve y realiza investigación sobre el sistema de educación y las prácticas educativas existentes, con el propósito de producir conocimientos y alternativas pertinentes que fomenten el cambio en las políticas educativas en el país. Como parte de su función la Unidad de Investigación desarrolla las siguientes tareas:

• Diseña, coordina y desarrolla investigación sobre los Distritos Escolares desde una perspectiva sistémica, enfocando en los aspectos de funcionamiento administrativo, fiscal y educativo.
• Colabora en la redacción de propuestas de investigación.
• Colabora con las otras unidades en el diseño de las diversas actividades que celebra IPEDCo durante el año.
• Establece acuerdos de colaboración a nivel local e internacional con institutos de investigación y desarrollo de política educativa.
• Ofrece mediante contratación servicios de asistencia técnica a escuelas y organizaciones en el desarrollo de estudio de necesidades y evaluación de programas educativos.
• Promueve experiencias de investigación a estudiantes de maestría o doctorales, en temas relacionados a la educación en el sistema público, el cambio educativo sistémico y otros.